Khu rừng bao gồm sáu khu bảo tồn thiên nhiên với tổng diện tích 94,43 ha. Khu bảo tồn lớn nhất có tên là Gibiel (29,79 ha), bao phủ khu vực có hệ động thực vật đa dạng nhất, gồm 175 loài chim cũng như bò rừng châu Âu, hươu, lợn rừng, sói xám, mèo lynx và mèo rừng.[3] Khu bảo tồn tiếp theo có tên Lipówka (25,73 ha) có các di tích thiên nhiên 200 năm tuổi, chủ yếu là cây chanh, cây sồi và cây sừng. Khu bảo tồn Długosz Królewski nhỏ hơn một chút, với diện tích 24,14 ha (không xa làng Stanisławice) được thành lập để bảo vệ một loài dương xỉ có hoa quý hiếm có tên Osmunda regalis (tiếng Ba Lan: Długosz Królewski). Khu bảo tồn có tên Dbina (12,66 ha) được thiết lập để bảo tồn các cây sồi cổ thụ. Khu bảo tồn Koło, với diện tích nhỏ hơn 3,49 ha bao gồm những cây chanh và cây sừng già. Khu bảo tồn có tên Wiślisko Kobyle (6,67 ha) được dành để xây dựng nhà máy nước. Ở trung tâm của Rừng Niepołomice là khu vực được bảo vệ nhiều nhất loài bò bison Ba Lan (Żubr), động vật lớn trên cạn còn sống sót ở châu Âu.[4]